Ministério da Educação lança, por meio do Decreto 6.096/2007, o Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (Reuni), parte do Plano de Desenvolvimento da Educação, com o objetivo de ampliar as vagas disponíveis em cursos de ensino superior nas universidades federais e aumentar a permanência dos alunos nos cursos de graduação. O Programa também foi implementado visando atingir uma das metas estabelecidas no Plano Nacional de Educação de 2001 (Lei 10.172/2001), pelo qual pelo menos 30% dos jovens de 18 a 24 anos deveriam ter acesso ao ensino superior até 2010.

O programa contemplou ações como a criação de novos campi e novas universidades federais, além da expansão de cursos e vagas. Dentre as metas do Programa se destacam: elevar de 12 para 18 a relação de alunos por professor, atingir uma taxa de conclusão dos cursos de graduação de 90% e expandir os cursos noturnos, em um horizonte de cinco anos. 

O funcionamento do programa seria por meio da apresentação de planos de reestruturação e expansão das Universidades Federais. O MEC, ao aprovar os planos, repassa recursos financeiros para sua implementação, mediante o cumprimento de metas fixadas para cada etapa. A elaboração do Programa foi feita pelo MEC junto à Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais do Ensino Superior (Andifes), que pactuou as metas e diretrizes com o governo federal. Isso contribuiu para a adesão, no mesmo ano de lançamento do Reuni, de todas as universidades federais. 

Por outro lado, o Sindicato Nacional dos Docentes das Instituições de Ensino Superior (Andes-SN) teceu críticas ao programa, afirmando que a expansão e reestruturação prejudica as condições de trabalho dos docentes e as atividades de pesquisa e extensão pelo aumento das atividades de ensino e reduz a qualidade de ensino, dadas as condições insuficientes de infraestrutura e do quadro profissional das universidades, no momento de lançamento do Reuni.

Desde 2003, quando começou a expansão dos campi das universidades federais pelo interior do país, e depois com a implementação do Reuni, o número de municípios brasileiros com presença de universidades federais passou de 114, em 2003, para 237, em 2011. No total, foram criadas 14 novas universidades federais e mais de 100 novos campi (Ministério da Educação, 2013). O programa foi encerrado no final de 2012.