De 1999 a 2002, o Brasil obteve uma redução de cerca de 45% nos casos de malária (doença que afeta principalmente os estados da Amazônia Legal) graças ao Plano de Intensificação das Ações de Controle da Malária (PIACM), mas os resultados não foram obtidos de forma homogênea e em alguns estados houve até aumento dos casos. 

Diante da gravidade desse quadro, em 9 de outubro de 2003, por meio da Portaria nº 1.932 do Ministério da Saúde, é criado o Programa Nacional de Controle da Malária (PNCM), de caráter permanente e com o objetivo de promover a prevenção e o controle da doença, ampliando as ações do PIACM e incorporando as experiências e avaliações obtidas anteriormente. O programa disciplina a atuação dos três entes federativos no controle da malária e se estrutura nos seguintes componentes: apoio à estrutura dos serviços locais de saúde, diagnóstico e tratamento, fortalecimento da vigilância da malária, capacitação de recursos humanos, educação em saúde, controle seletivo de vetores, pesquisa, monitoramento do programa e sustentabilidade política.