A Lei 9.192/1995, de autoria do Executivo, altera o procedimento de escolha dos reitores das universidades federais. Em lugar da lista de seis candidatos elaborada pelo Conselho Universitário, com peso igual de votos para os representantes de professores, alunos e funcionários, o novo procedimento previa peso maior dos professores na eleição de três candidatos para escolha de um deles pelo presidente da República. 

A Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior (Andifes) se posiciona contra o novo processo de escolha de reitores, que a seu ver limitaria a autonomia universitária prevista na Constituição por determinar critérios para a escolha da lista de candidatos a reitor. 

Em 1998, a escolha de reitor da UFRJ provocou polêmica pela nomeação do terceiro mais votado na lista tríplice, José Henrique Vilhena, contrariando a praxe de nomear o mais votado. 

Anos depois, no governo Jair Bolsonaro, foram nomeados pelo menos 19 reitores que não foram os mais votados nas listas tríplices e indicados reitores temporários que não estavam concorrendo nas consultas públicas.

Além disso, em 2019 uma medida provisória (MP nº 914, de 24 de dezembro de 2019) é publicada pelo governo alterando o processo de escolha dos dirigentes das universidades federais, dos institutos federais e do Colégio Pedro II. A nova norma revogou o papel do órgão colegiado e estabeleceu que a formação da lista tríplice seria organizada por colégio eleitoral instituído especificamente para esse fim. Também determinou que a consulta para formação da lista tríplice seria por voto direto e estipulou peso fixo para os votos de cada setor: 70% para professores; 15% para técnicos administrativos e outros 15% para alunos. A vigência desta MP está encerrada.

Até então,  valia a regra de 1995 (Lei nº 9.192) em que o Conselho Universitário — órgão colegiado máximo da universidade — era responsável pela formulação e entrega da lista tríplice ao Presidente da República. As consultas à comunidade universitária eram facultativas, respeitando o peso de setenta por cento para a manifestação do pessoal docente em relação às demais categorias (para os estudantes e técnicos administrativos, não havia um peso definido).