A Medida Provisória 1.827-1/1999 cria o Programa de Financiamento Estudantil (FIES), aprovado em lei dois anos depois (Lei 10.260/2001). 

O início dos programas de crédito educativo foi em 1976, durante o regime militar, em que fora criado o Programa de Crédito Educativo (PCE) com o objetivo de impulsionar o desenvolvimento regional, começando inicialmente pelas regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste, através da ampliação do acesso às universidades privadas e públicas. O programa inicial permitia o financiamento de mensalidades, alojamento e alimentação, teve alta inadimplência e entrou em falência em 1991, sendo substituído pelo Programa de Crédito Estudantil para Estudantes Carentes (CREDUC), que também entrou em falência. 

Criado em 1999, o FIES financiava parte das mensalidades das universidades particulares, sem restrição de renda para os beneficiários. O programa foi direcionado de maneira diferente ao longo dos anos: houve alteração de público, áreas do conhecimento e locais prioritários em cada período. As alterações ocorreram sobretudo nos anos de 2010, 2015 e 2018. 

Em 2010, no governo Lula, destaca-se o aumento do acesso de estudantes em situação de vulnerabilidade social, inserindo um limite máximo de renda familiar, conceito que se manteve nos anos seguintes. Em 2015, introduz-se novamente a priorização das regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste. Em 2018, três faixas de crédito e o conceito de microrregiões focalizam a distribuição do crédito para estudantes de mais baixa renda e em locais mais desfavorecidos no acesso ao ensino superior.