O Conselho Nacional de Combate à Discriminação (CNCD), instalado em 2001, é transformado por decreto (7.388/2010) em Conselho Nacional de Combate a Discriminação e Promoção dos Direitos de Lésbicas, Gays, Bissexuais, Travestis e Transexuais (CNCD/LGBT). Até então, o Conselho tratava também de temas ligados à igualdade racial e direitos indígenas e, a partir de 2010, o foco passa a ser a população LGBT com a saída dos demais temas para outros órgãos. O CNCD/LGBT é composto por 30 membros, sendo metade representantes do poder público federal e metade representantes da sociedade civil. Entre as ações previstas para o Conselho estão a proposição de políticas públicas para a população LGBT, o fomento de órgãos e planos estaduais sobre o tema e o recebimento e encaminhamento de denúncias de violações de direitos.

Em 2019, o CNCD/LGBT é extinto pelo presidente da república Jair Bolsonaro (Decreto 9.883/2019) e o Conselho Nacional de Combate à Discriminação (CNCD) passa a tratar genericamente da defesa de “minorias étnicas e sociais”, sem especificar a população LGBT. O novo Conselho é composto por apenas sete integrantes, sendo quatro do poder público e três da sociedade civil.

Em abril de 2023, o governo Lula, por meio do Decreto nº 11.471, recria o conselho, agora sob o nome de Conselho Nacional dos Direitos das Pessoas Lésbicas, Gays, Bissexuais, Travestis, Transexuais, Queers, Intersexos, Assexuais e Outras – CNLGBTQIA+, no âmbito do Ministério dos Direitos Humanos e da Cidadania. De natureza consultiva e deliberativa, o conselho mantém a paridade de representantes do Poder Público federal e da sociedade civil, sendo 19 membros para cada um.