O Programa Universidade para Todos (Prouni) é criado por Medida Provisória (MP 213/2004) do governo federal, visando a democratização do acesso ao ensino superior por meio de bolsas em faculdades particulares. O projeto inicial do executivo foi enviado em junho de 2004 para o Congresso Nacional e previa a garantia de vagas e a concessão de bolsas para alunos de baixa renda. O projeto inicial planejava a reserva de pelo menos 10% das vagas totais da faculdade para alunos cuja renda familiar per capita fosse de até um salário mínimo e não tivessem diploma de ensino superior. A seleção de tais alunos seria feita pelo Ministério da Educação e os mesmos receberiam bolsas integrais para realizar o curso pretendido. Em troca, as faculdades particulares seriam isentas de quatro tributos: Imposto de Renda das Pessoas Jurídicas, Contribuição Social sobre Lucro Líquido (CSLL), Programa de Integração Social (PIS) e Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (Cofins). Para as faculdades filantrópicas, a reserva de vagas para esse público deveria ser de pelo menos 20% do total de vagas, com oferecimento de bolsas integrais para os estudantes selecionados. As faculdades filantrópicas já tinham imunidade de impostos em troca de concederem 20% de sua renda bruta em “gratuidades”, que poderiam ser de diferentes naturezas, como bolsas e hospitais universitários. A partir da proposta do MEC, a gratuidade seria revertida nas bolsas do Prouni.

As faculdades particulares, representadas por entidades como a Associação Nacional das Universidades Particulares e a Associação Brasileira de Mantenedoras, exerceram lobby na tramitação do projeto na Câmara. A demanda das faculdades filantrópicas é que não fosse obrigatória a reserva de vagas e que as bolsas concedidas pudessem ser parciais, para um público de renda per capita de até três salários mínimos. As demais faculdades pediam redução da reserva de vagas de 10% para 5% . 

O resultado final dos embates foi uma solução negociada entre o projeto inicial do governo e as demandas das faculdades particulares (Lei 11.096/2005). As faculdades particulares conseguiram flexibilizar o oferecimento de apenas bolsas integrais para alunos de renda de até 1 salário mínimo: o Programa estabeleceu a destinação de bolsas integrais para alunos de renda per capita de até 1,5 do salário mínimo e bolsas parciais para alunos com renda de até 3 salários mínimos. Além disso, conseguiram uma divisão da seleção dos estudantes em duas etapas: a primeira permaneceu a cargo do MEC, que a realiza através dos resultados e perfil socioeconômico no Exame Nacional do Ensino Médio (Enem) e a segunda etapa ficou a cargo das próprias faculdades. A porcentagem de reserva de vagas permaneceu conforme proposta do governo: 20% para as filantrópicas e 10% para as demais. Os alunos que se encaixam na faixa de renda estabelecida pelo Prouni deverão, ainda, ter cursado todo o Ensino Médio em escola pública ou em escolas particulares na condição de bolsista. Parte das vagas ficaram destinadas a outro público — professores de educação básica da rede pública de ensino que desejarem cursar cursos de licenciatura. Além disso, fica estabelecido que as vagas do Prouni devem ter cotas para negros e indígenas, de acordo com as porcentagens dessas populações no Censo.