O Ministério da Educação, em parceria com o Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Anísio Teixeira (Inep), lança o “Novo Enem”. A partir deste ano, o Exame Nacional do Ensino Médio é vinculado à entrada no ensino superior público e também é utilizado como critério para o Programa Universidade para Todos (Prouni). O Sistema de Seleção Unificada (Sisu) também é criado, um sistema informatizado para gerenciar a oferta de vagas nas universidades e selecionar os candidatos que realizam o exame. 

Tal mudança foi motivada pelos objetivos de aumentar a mobilidade dos alunos brasileiros entre os estados da federação, isto é, possibilitar que alunos com diferentes origens pudessem realizar uma prova única para acessar qualquer universidade pública federal no território brasileiro. Além disso, o processo de seleção unificada visava gerar uma mudança nos currículos do Ensino Médio para uma abordagem menos conteudista e mais interdisciplinar.

No primeiro ano de aplicação do novo modelo, a prova sofreu problemas de fraude na prova, por ter sido furtada previamente, e outra edição teve que ser realizada no lugar. Isso gerou a maior taxa de abstenção observada no período — 37,7% — e a desistência de sua utilização por algumas universidades, como USP e UNICAMP  (que adotaram o Enem como forma de ingresso em 2015 e em 2019, respectivamente, sem, contudo, abandonar seus próprios vestibulares). Ao longo dos anos, seu uso vai sendo ampliado para o processo seletivo de universidades públicas e privadas, e o Enem é utilizado, inclusive, para a entrada em algumas universidades em Portugal.

Em 2015, o Enem também passa a ser um dos critérios do Programa de Financiamento Estudantil (FIES), em que é necessário conseguir pelo menos 450 pontos na prova e não zerar a redação.

Até a modificação de 2009, o Enem havia sido utilizado pelo MEC desde 1998, ano de sua criação, como uma avaliação de desempenho para mensurar a qualidade do ensino médio e sua realização era opcional. Para os alunos egressos do ensino médio, era uma oportunidade de ingressar em algumas universidades e cursos profissionalizantes, além de ser utilizado em alguns casos em processos de seleção no mercado de trabalho.