O Poder Executivo cria a nova Lei de Biossegurança (Lei 11.105/2005), que estabelece normas e fiscalização de Organismos Geneticamente Modificados.

A nova lei é criada para corrigir a sobreposição de competências entre a Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio) e o Ibama e a Anvisa. A CTNBio foi criada na lei anterior de 1995 para estabelecer normas e supervisionar atividades relacionadas aos transgênicos, mas era o Ibama e a Anvisa que registravam esses produtos. Essa sobreposição entre os responsáveis pelas normas e pelo registro começou a gerar ações judiciais, especialmente no caso da soja transgênica.

A soja transgênica já vinha sendo pesquisada pela Embrapa em parceria com a Monsanto desde 1997, com o intuito de gerar uma soja resistente ao herbicida glifosato. Em 1998, por conta do pedido da Monsanto de liberação da venda da Soja Roundup Ready no Brasil, o Instituto Brasileiro de Defesa do Consumidor (iDEC) e o Greenpeace entraram na justiça. A ação acabou proibindo o plantio e o consumo de soja transgênica que não tivessem estudos de impacto ambiental (EIA/Rima). Como esses estudos eram liberados pelo Ministério do Meio Ambiente, ficou evidente que a CTNBio não tinha autonomia decisória. Em março de 2003, com uma medida provisória (MP 113/2003), que se torna lei em junho, o poder executivo autoriza provisoriamente o escoamento da safra de soja transgênica, que já estava sendo produzida ilegalmente no Brasil.

Com a nova lei, a CTNBio (instância dirigida por cientistas e representantes do poder executivo escolhidos pelo Ministério da Ciência e Tecnologia a partir de indicações das sociedades científicas ou organizações da sociedade civil) passa a ser a única a decidir sobre os Organismos Geneticamente Modificados, com competência inclusive para identificar riscos ambientais. Órgãos e entidades de registro e fiscalização podem apenas entrar com recurso em caso de divergência.

Também é criado o Conselho Nacional de Biossegurança, formado por ministros de Estado, para resolver contestações, não apenas considerando o caráter técnico, mas os âmbitos político, econômico e social.

A Associação Brasileira de Agroecologia, formada por pesquisadores e professores, junto com outras entidades científicas, criticou o maior poder dado à CTNBio, principalmente pela falta de representatividade e transparência de sua composição. Segundo esse setor, os cientistas escolhidos eram apenas aqueles que defendiam o uso de transgênicos e não se preocupavam com os seus riscos para o meio ambiente e para a saúde. Em manifesto, demandaram a supervisão pela SPBC da indicação dos pesquisadores participantes, que não foi aprovada.