Com grande contribuição dos médicos sanitaristas, a Lei Orgânica da Saúde nº 8.080, de 19 de setembro, regulamenta oficialmente o Sistema Único de Saúde (SUS). Este ato legislativo, ao longo de seus mais de cinquenta artigos, determina as diretrizes de atuação, as atribuições, a forma de organização, a forma de administração e os meios de financiamento do SUS. Por isso, diz-se que essa lei, de certa maneira, “funda” o novo sistema. 

A Lei nº 8.080 define as responsabilidades comuns e particulares de cada uma das três esferas de governo — União, estados e municípios. Em comum estão o planejamento, financiamento e controle. Aos municípios atribui-se a incumbência primária de execução e gestão dos serviços de saúde; aos estados e ao Ministério da Saúde, respectivamente, atribui-se o que os municípios e estados forem incapazes de assumir. A União é a responsável pelo repasse de recursos de forma regular e mediante uma série de critérios, como demográficos e epidemiológicos. Contudo, os artigos que tratavam do financiamento, da participação popular e do controle social do SUS receberam vetos do presidente Fernando Collor de Melo. 

Após reação e pressão intensas da sociedade civil, de autoridades locais de saúde e do movimento sanitário, é aprovada a Lei nº 8.142, em 28 de dezembro de 1990. Nesta legislação, define-se uma data limite para extinção do Inamps e instituem-se os Conselhos e as Conferências de Saúde. Também se determinam os pré-requisitos para que estados e municípios possam receber, obrigatoriamente, repasses de recursos federais de forma regular e automática.