A Emenda Constitucional nº 53 cria o Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica e da Valorização dos Profissionais. Trata-se de uma ampliação do Fundef, cujo foco era o ensino fundamental e vigorou entre 1998 e 2006. O Fundeb, além do fundamental, abrange o ensino infantil e o médio, visando a ampliação do acesso a estas etapas. Os recursos oriundos do Fundeb devem ser usados por municípios e estados exclusivamente como definido na Constituição: os primeiros precisam destiná-los à educação infantil e ao ensino fundamental; e os segundos, ao ensino fundamental e médio.

Uma Proposta de Emenda à Constituição (PEC) foi encaminhada inicialmente pelo poder executivo em junho de 2005 (PEC 415/2005), gerando amplo debate dos entes federativos e da sociedade civil, organizada principalmente na Campanha Brasileira pelo Direito à Educação. A Campanha liderou o movimento “Fundeb pra valer!”, e participou das discussões junto ao Executivo, pressionando pela inclusão das creches, garantia de um Piso Nacional Salarial Profissional, a inclusão de um indicador de qualidade e a fixação de um valor de contribuição da União para o fundo, pontos que foram incluídos na versão final. Os estados e municípios, através de suas representações como a União dos Dirigentes Municipais da Educação (UNDIME) e a Confederação Nacional dos Municípios (CNM), respectivamente, divergiram em relação à distribuição dos recursos do fundo de acordo com o nível de ensino, pois a distribuição entre níveis de ensino afetaria a porcentagem de recursos direcionada aos estados (no caso do ensino médio) ou municípios (no caso do ensino infantil). Houve discussões também acerca da criação de três fundos separados, divididos por níveis de ensino, ou de um fundo único. Por fim, à PEC do executivo foi apensada a PEC 536/2005 e também um substitutivo da relatora Iara Bernardi (PT-SP). 

A metodologia de funcionamento do Fundeb permaneceu igual ao seu antecessor, Fundef, constituindo um fundo único para todas as etapas do ensino (incluindo creches), composto por um conjunto de 27 fundos (26 estados + Distrito Federal) em que estados e municípios depositam arrecadações de determinados impostos e outras fontes de arrecadação. No entanto, a base de arrecadação do Fundeb foi ampliada, incluindo mais impostos-base de arrecadação. Além disso, o percentual de cada imposto destinado ao fundo aumentou de 15% para 20%. Depois da arrecadação, os recursos são redistribuídos entre estados e municípios de acordo com o número de alunos matriculados registrados pelo Censo Escolar. Quanto mais alunos matriculados, maior o montante recebido por cada município. O Ministério da Educação atualiza o chamado valor aluno/ano, um valor mínimo de investimento por aluno determinado para garantir um padrão mínimo no território nacional. Os municípios com valores aluno/aluno abaixo do mínimo recebem uma complementação da União para atingirem o investimento mínimo. O total de complementação da União corresponde ao valor mínimo de 10% de todo o valor arrecadado pelos estados e municípios, uma inovação em relação ao Fundef cuja complementação não estava fixada em Emenda Constitucional.

Pelo menos 60% do Fundeb deve ser utilizado para pagamento dos salários de professores da educação básica. Os recursos do fundo também podem ser utilizados para capacitação de professores, material didático, construção de escolas, transporte escolar, entre outros. Não pode, no entanto, ser direcionado para a compra de merenda escolar ou uniformes.

A Emenda Constitucional que implementa o Fundeb previa seu funcionamento até 31 de dezembro de 2020. Existiam 3 Propostas de Emenda à Constituição (PEC) em tramitação com propostas de renovação e atualização do Fundeb. A proposta que mais avançou no legislativo foi a PEC 15/2015, proveniente da Câmara dos Deputados, cuja autora é a deputada Raquel Muniz (PSC-MG), transformada em Emenda Constitucional 108/2020 em agosto de 2020. A Emenda torna o Fundeb permanente e altera sua lógica de arrecadação e redistribuição. Dentre as mudanças, destacam-se o aumento da participação da União, de 10% para 23%, com implementação progressiva até 2026. Os primeiros 10% dos recursos repassados pela União seguem a lógica de redistribuição do antigo Fundef. Os 10,5% seguintes são redirecionados para as redes de ensino com menor investimento mínimo por aluno considerando o total de investimentos em educação e não apenas o Fundeb. Os últimos 2,5% advindos da União serão distribuídos conforme critérios de qualidade como gestão educacional, indicadores de rendimento e aprendizagem e redução das desigualdades, que devem ser regulamentados em lei posterior. Além disso, 15% dos recursos distribuídos pela União devem ser utilizados para investimentos em infraestrutura e pelo menos 70% deve ser utilizado para pagamento dos profissionais de educação.