Em 13 de setembro é editada a Emenda Constitucional nº 29, que altera vários artigos da Constituição de 1988 e estabelece percentuais mínimos (e escalonados) das receitas da União, do Distrito Federal, dos estados e municípios a serem aplicados em ações e serviços públicos de saúde (ASPS) — definindo assim mais claramente a participação das três esferas de governo no financiamento do SUS. 

Por meio da EC 29, define-se que a União passa a corrigir anualmente o orçamento federal destinado à saúde pela variação nominal do Produto Interno Bruto (PIB) a partir de 2000. Os estados são obrigados a alocar em ASPS no mínimo 12% da receita líquida de impostos e transferências. Já os municípios assumem a responsabilidade de utilizar pelo menos 15% das suas receitas líquidas de impostos em ASPS. A Emenda também reforçou o papel do controle e fiscalização através dos Conselhos Nacionais de Saúde.

O cumprimento da EC 29, contudo, apresentou-se como um desafio. A União, diferentemente dos estados e municípios, não teve um percentual fixo de sua receita determinado para gastos em saúde pública. Além disso, o crescimento das receitas federais foi, em média, superior à variação anual do PIB, o que resultou em uma redução do gasto federal em saúde. Os estados muitas vezes falharam com suas responsabilidades de contribuição; neste cenário, os municípios acabam responsabilizados pelos gastos com saúde.