A Assembleia Nacional Constituinte (ANC) é palco da controvérsia entre a soberania nacional e os direitos indígenas. Em agosto de 1987, o jornal O Estado de S. Paulo publica reportagem sobre a atuação de Movimento de Jovens Católicos da Áustria para aprovar uma emenda popular na ANC. A ação do movimento, que contava com o apoio do Conselho Indigenista Missionário (Cimi), visava limitar a soberania brasileira sobre as terras indígenas. Uma investigação por Comissão Parlamentar Mista de Inquérito (CPMI) é instalada, mas não segue adiante após indícios de falsificação dos documentos que embasavam a denúncia.

O uso da expressão “nações indígenas” pelo Cimi em proposta de emenda parlamentar provoca divergência mesmo entre os defensores dos direitos indigenistas. A UNI, contrária ao uso dessa expressão, prefere aderir ao termo “povos indígenas”. A discussão não é simplesmente semântica: a recusa do termo “nações indígenas” indica a preocupação em não colocar em xeque a soberania indivisível da nação brasileira, ponto especialmente sensível para os militares.

Durante a ANC, os índios marcam presença no Congresso. Num episódio emblemático, o líder indígena Ailton Krenak pinta o próprio rosto com a tinta do jenipapo enquanto discursa na Câmara dos Deputados em defesa das comunidades indígenas.

O senador Jarbas Passarinho, coronel reformado do Exército e ex-ministro dos governos militares, desempenha papel fundamental para que as Forças Armadas aceitem o capítulo sobre os direitos dos índios na Constituição.