A Controladoria-Geral da União (CGU) é criada (Lei 10.683/2003) para o controle interno da Administração Pública Federal. A nova estrutura possui status ministerial, o que lhe garante autonomia em relação aos demais ministérios e suas funções são ampliadas em relação à Corregedoria Geral da União, que centralizara em 2001 (Medida Provisória 2.143-31/2001) a Secretaria Federal de Controle e a Ouvidoria Geral da União e tinha como objetivo apurar irregularidades, puni-las e restituir recursos desviados. A CGU, além do controle interno e do monitoramento das políticas públicas federais, passa a ser responsável pela prevenção e combate à corrupção, promoção da transparência e mobilização da sociedade civil para o controle social.

Na prática, a Controladoria-Geral da União implementou, entre outros:

• O Portal da Transparência, sítio eletrônico que reúne informações sobre o uso de recursos públicos pelo Governo Federal disponível a todos os cidadãos;
• O Conselho de Transparência Pública e Combate à Corrupção, órgão consultivo da CGU com representantes da sociedade civil e da Administração Pública Federal, criado para “sugerir e debater medidas de aperfeiçoamento dos métodos e sistemas de controle e incremento da transparência na gestão da administração pública, e estratégias de combate à corrupção e à impunidade” (Decreto 4.923/2003. Entre suas contribuições, destaca-se o início das discussões para a Lei de Acesso à Informação;
• A Conferência Nacional sobre Transparência e Controle Social, que inaugura o processo organizado de debates entre a sociedade civil e o poder público sobre o tema.