De autoria do deputado federal Sérgio Arouca (PPS/RJ), é aprovada a Lei 9.836/1999, que estabelece o Subsistema de Atenção à Saúde Indígena no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS), sob a responsabilidade do Governo Federal. Criam-se os Distritos Sanitários Especiais Indígenas, uma antiga reivindicação dos defensores dos direitos dos índios.

Além de possibilitar mais recursos, a lei determina uma nova abordagem à saúde dos índios:

“Dever-se-á obrigatoriamente levar em consideração a realidade local e as especificidades da cultura dos povos indígenas e o modelo a ser adotado para a atenção à saúde indígena, que se deve pautar por uma abordagem diferenciada e global, contemplando os aspectos de assistência à saúde, saneamento básico, nutrição, habitação, meio ambiente, demarcação de terras, educação sanitária e integração institucional.” (Cap. V, Art. 19-F).

Em 2002, o Ministério da Saúde institui a Política Nacional de Atenção à Saúde dos Povos Indígenas (PNASPI), visando garantir seu acesso integral ao Sistema Único de Saúde (SUS) respeitando sua diversidade cultural, social e histórica.

Também no âmbito do Ministério da Saúde, em 2010, é criada a Secretaria Especial de Saúde Indígena (Sesai), uma reivindicação dos povos indígenas. Trata-se de uma secretaria autônoma para a saúde indígena, com competência para execução orçamentária, o que lhe garante maior autonomia financeira. Além disso, criam-se mecanismos de participação dos povos indígenas no controle social de suas políticas, através do Fórum de Presidentes dos Conselhos Distritais de Saúde Indígena, que se reúne com gestores da Sesai periodicamente.